Miasto Zamość zostało założone w 1580 r. na gruntach wsi Skokówka, przez kanclerza i hetmana wielkiego koronnego Jana Zamoyskiego jako nowa siedziba rodowa i stolica zamierzonej ordynacji zamojskiej. Jan Zamoyski zbudował tu ufortyfikowaną warownię i chroniącą szlak kupiecki, prowadzący z Wołynia i Lwowa do Lublina i Warszawy. W 1589 r. za zgodą Sejmu ogromne dobra kanclerza, położone w południowej części województwa lubelskiego i północnej bełskiego (ok. 600 tys. ha) zostały połączone w niepodzielną całość, dziedziczoną w całości przez najstarszego syna (lub najbliższego krewnego) poprzedniego ordynata. Ordynacja zamojska istniała aż do drugiej wojny światowej.
Wkrótce po założeniu miasta, przywilej osadniczy otrzymali Ormianie (1585) i Grecy (1589). Choć akt lokacyjny nie zezwalał Żydom na osiedlanie się w mieście, już w 1586 r. także oni uzyskali prawo do zamieszkania w Zamościu. Położenie miasta ułatwiało jego ekonomiczny rozwój, tworząc warunki dla osiedlania się tu także Niemców, Szkotów, Holendrów i Włochów, dzięki czemu szybko zyskało charakter wieloetnicznego miasta handlowego. Zamość stał się także ośrodkiem akademickim — w 1595 r. otwarto tu Akademię Zamojską, trzecią uczelnię wyższą w Rzeczypospolitej (po Krakowie i Wilnie).
Całe założenie miejskie, stanowiące praktyczną realizację renesansowej koncepcji idealnego miasta-twierdzy (citta ideale), zostało zaprojektowane przez włoskiego architekta Bernarda Morando. Zamość uważany był za najlepiej zorganizowane miasto w nowożytnej Polsce. Podzielony na część mieszczańską i rezydencję właściciela stanowił przemyślaną i jednolitą całość, z precyzyjnie wytyczonym, szachownicowym układem ulic i placów, współtworzących funkcjonalny system komunikacji. Dwór Zamoyskiego pełnił rolę ośrodka intelektualno-kulturalnego, gromadzącego poetów, pisarzy i artystów. Całość otoczono w latach 1587–1608 pierścieniem nowoczesnych fortyfikacji bastionowych z bramami. Do dziś dnia, pomimo zniszczenia znacznej części dawnych murów obronnych, Zamość stanowi jeden z najlepszych przykładów europejskiej urbanistyki renesansowej.
